Caracterización genética del cerdo criollo cubano con microsatélites

Abstract

In this work the Criollo Cubano pig has been characterised to know how the breed is and to know the genetic relationships with the main varieties of the Iberian pig calculating genetic distances. It have been studied 93 animals of the Criollo Cubano pig breed belonging to the Entrepelado and Lampiño varieties. 20 microsatellites recommended by ISAG for porcine biodiversity studies. These markers were amplified by mean of the polymerase chain reaction (PCR) technique and to get the size separation of the obtained fragments we have developed electrophoresis in polyacrylamide gel in an automatic sequencer ABI377XL. All the microsatellites have been polymorphic and between 4 (S0227) and 12 (S0068) alleles have been found with an average value of 8.2. The expected heterozigosity has been 0.6535 and the observed heterozigosity 0.6335. The Nei"s Ds genetic distance between the Criollo Cubano and the Iberian pig has been calculated and an UPGMA tree has been built. Finally, distances between pairs of individuals (Dsa) have been calculated and an UPGMA individual tree has been built.

En este trabajo caracteriza genéticamente el cerdo Criollo Cubano para conocer el estado en que se encuentra esta raza porcina, a la vez que se establecen las relaciones genéticas del mismo con las variedades principales del cerdo Ibérico mediante el cálculo de distancias genéticas. Se han analizado 93 muestras de cerdo Criollo Cubano pertenecientes a las variedades Entrepelado y Lampiño procedentes de la provincia de Granma y de La Habana (Cuba). Se han empleado 20 microsatélites de los recomendados por la FAO/ISAG (International Society of Animal Genetics) para estudios de biodiversidad porcina. Los microsatélites se han amplificado mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y los fragmentos amplificados se han separado mediante electroforesis en un secuenciador automático ABI 377XL. Todos los microsatélites tipificados han resultado polimórficos y se han encontrado entre 4 alelos para el S0227 y 12 para el S0068, con un número medio de alelos de 8,2. La heterocigosidad media esperada ha sido 0,6535 y la observada 0,6335. Se ha calculado la distancia genética DS de Nei entre el cerdo Criollo Cubano y el cerdo Ibérico y se ha construido un árbol de distancias mediante el método de UPGMA. Por último, se han calculado las distancias entre pares de individuos (DSA) y con ellas se ha construido un árbol filogenético individual basado en el algoritmo UPGMA.