Identificación de las Familias de Factores de Transcripción WRKY y Proteínas VQ en Fresa y Caracterización del Papel de FaWRKY1 en la Respuesta de Defensa del Fruto frente a Colletotrichum acutatum
Identification of the WRKY Transcription Factor and VQ Protein Families in Strawberry and Characterization of The Role of FaWRKY1 in the Fruit Defense Response against Colletotrichum acutatum
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Author
Garrido-Gala, José
Director/es
Caballero Repullo, José LuisAmil-Ruiz, Francisco
Publisher
Universidad de Córdoba, UCOPressDate
2021Subject
FresasFragaria × ananassa
Fragaria vesca
Antracnosis
Hongos ascomicetos
Colletotrichum spp.
Resistencia de la fresa a patógenos
Transcripción WRKY
Proteínas valina-glutamina
Gen FaWRKY1
Análisis transcriptómico
Genómica
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La fresa cultivada es la fruta blanda de mayor importancia económica, con una producción mundial de más de 8,33 Mt, en la que España ocupa el sexto puesto en importancia, y ocupando una superficie de cultivo de unas 372.361 ha (FAOSTAT, 2018). Numerosas especies de hongos patógenos pueden producir enfermedades tanto de la planta como del fruto de fresa, siendo estas las de mayor importancia, tanto por su variedad como por su incidencia en distintas regiones productoras, siendo responsables de cuantiosas pérdidas económicas. La antracnosis es una de las principales enfermedades de la fresa cultivada, extendida globalmente y que afecta a todos los principales países productores. Esta causada por hongos ascomicetos del genero Colletotrichum. En la presente tesis doctoral se ha abordado, por una parte, el estudio de dos familias génicas propias de plantas que codifican proteínas reguladoras de la transcripción: los factores de transcripción tipo WRKY y las denominadas “proteínas VQ”, un tipo de proteínas cuyo papel regulador se ha identificado recientemente, capaces de establecer interacciones proteína-proteína con los primeros y modular su actividad transcripcional. Ambas participan en la regulación de diversos aspectos del crecimiento y desarrollo y, especialmente, en las respuestas de defensa frente a estreses bióticos y abióticos. Por tanto, se han identificado y caracterizado a los miembros de dichas familias génicas en la fresa, tanto en la especie modelo diploide, Fragaria vesca, como en el hibrido octoploide cultivado, Fragaria x ananassa, mediante un profundo y sistemático análisis en el que se usaron los datos genómicos actualizados de ambas especies y técnicas avanzadas de filogenómica y análisis de la expresión génica (RNA-seq y PCR cuantitativa). De este modo, se describe la evolución de ambas familias génicas y sus posibles funciones, destacando aquellas en relación a los mecanismos de defensa de la fresa frente a uno de sus principales patógenos, el hongo hemibiotrofo Colletotrichum spp. Por otra parte, se ha profundizado en el papel del gen FaWRKY1 en la respuesta de defensa de la fresa. En un trabajo previo realizado por nuestro grupo, se estudió el gen FaWRKY1, que codifica un factor de transcripción WRKY del grupo IIc y homologo al gen WRKY75 de Arabidopsis thaliana, revelando un papel en la respuesta de defensa de la planta frente a la antracnosis del fruto, causada por Colletotrichum acutatum. Mediante la técnica de agroinfiltración en fruto se consiguió tanto la sobre-expresión como el silenciamiento transitorios del gen FaWRKY1, hallándose que este ejerce como regulador negativo de la resistencia del fruto de fresa frente a C. acutatum, en contraposición a su papel como regulador positivo de la resistencia frente al patógeno bacteriano Pseudomonas syringae pv. Tomato DC3000, determinado mediante complementación en A. thaliana. Se ha propuesto un modelo para explicar este comportamiento dual en los mecanismos de defensa frente a distintos patógenos, en el cual FaWRKY1 contribuiría a la regulación del crosstalk entre las dos principales rutas de defensa, mediadas por SA (ácido salicílico) y JA (ácido jasmónico), respectivamente. The cultivated strawberry is the most economically important soft fruit, with a worldwide production of more than 8.33 Mt, in which Spain ranks sixth in importance, and occupying a growing area of about 372,361 ha (FAOSTAT, 2018). Many species of pathogenic fungi can produce diseases of both the plant and the strawberry fruit, these being the most important, both for their variety and for their incidence in different producing regions, being responsible for large economic losses. Anthracnosis is one of the main diseases of the cultivated strawberry, spread globally and affecting all major producing countries. It is caused by ascomyte fungi of the genus Colletotrichum. This doctoral thesis has addressed, on the one hand, the study of two classes of gene families typical of plants that encode transcription-regulating proteins: WRKY type transcription factors and so-called "VQ proteins", a recently identified type of regulatory proteins, capable of establishing protein-protein interactions with the former and modulating their transcriptional activity. Both are involved in regulating various aspects of growth and development and, in particular, in defense responses against biotic and abiotic stresses. Therefore, the members of these gene families have been identified and characterized in the strawberry, both in the diploid model species, Fragaria vesca, and in the cultivated octoploid hybrid, Fragaria x ananassa, by a deep and systematic analysis in which the updated genomic data of both species and advanced techniques of phylogenomics and analysis of gene expression (RNA-seq and quantitative PCR) were used. This describes the evolution of both gene families and their possible functions, highlighting those in relation to the mechanisms of defense of the cutter against one of its main pathogens, the fungus hemibiotroph Colletotrichum spp. On the other hand, it has delved into the role of the FaWRKY1 gene in the strawberry defense response. In previous work carried out by our group, the FaWRKY1 gene, which encodes a WRKY transcription factor of the IIc group, homologous to the WRKY75 gene of Arabidopsis thaliana, was studied revealing a role in the plant's defense response against fruit anthracnose, caused by Colletotrichum acutatum. The fruit agroinfiltration technique achieved both transient over-expression and silencing of the FaWRKY1 gene, finding that it acts as a negative regulator of strawberry fruit resistance against C. acutatum, as opposed to its role as a positive regulator of resistance against the bacterial pathogen Pseudomonas syringae pv. Tomato DC3000, determined by complementation in A. thaliana. A model has been proposed to explain this dual behavior in the mechanisms of defense against different pathogens, in which FaWRKY1 would contribute to the regulation of crosstalk between the two main defense pathways, mediated by SA (salicylic acid) and JA (jasmonic acid), respectively.